追記

ここにそれっぽいのが書いてあった。
http://groups.google.com/group/magit/browse_thread/thread/af6aa83080d31de7

なんかコマンド入力をミスっておかしな状態になってしまったのだろうか。
とりあえず、githubからcloneし直すだけで大丈夫になった。